يعد التبريدمن أكثر الوسائل شيوعًا، إذ يبطئ نمو العديد من الكائنات الدقيقة ويخفض سرعة التفاعلات المرتبطة بالفساد. لكنه لا يقتل جميع الميكروبات، كما تستطيع بعض الأنواع النمو في درجات حرارة منخفضة نسبيًا. لذلك يجب أن يقترن التبريد بالنظافة ومنع التلوث واحترام مدة التخزين المناسبة. أما التجميد (Freezing)، فيحد من النشاط الميكروبي إلى حد كبير نتيجة انخفاض درجة الحرارة وتجمّد جزء من الماء المتاح. ومع ذلك، قد تبقى بعض الخلايا الميكروبية حية خلال التجميد، ثم تستعيد قدرتها على النمو عند إذابة الغذاء إذا توافرت الظروف الملائمة. ولهذا لا يُعدّ التجميد تعقيمًا، وتظل ممارسات التداول الصحيحة ضرورية بعد إخراج المنتج من المجمد. وتُستخدم المعالجة الحرارية، مثل البسترة (Pasteurization)، لخفض أعداد الميكروبات المستهدفة وتقليل مخاطر بعض مسببات الأمراض، مع المحافظة على جودة المنتج قدر الإمكان. وتختلف البسترة عن التعقيم التجاري (Commercial Sterilization) من حيث شدة المعالجة والهدف منها. ويعتمد اختيار الزمن ودرجة الحرارة على نوع الغذاء والميكروبات المستهدفة وخصائص المنتج، ولا توجد معاملة حرارية واحدة تصلح لجميع الأغذية. ومن الوسائل الأخرى خفض النشاط المائي (Water Activity) عن طريق التجفيف أو إضافة الملح أو السكر بتركيزات مناسبة. فالماء المتاح للكائنات الدقيقة يختلف عن إجمالي الماء الموجود في الغذاء، ويؤدي انخفاض النشاط المائي إلى الحد من قدرة العديد من الميكروبات على النمو. ومع ذلك، يمكن لبعض الكائنات، مثل أنواع من الأعفان والخمائر، تحمل ظروف الجفاف بدرجات متفاوتة. كما يمكن الاستفادة من التعبئة في أجواء معدّلة (Modified Atmosphere Packaging)، حيث تُغيّر نسب الغازات داخل العبوة لتقليل نمو بعض الميكروبات وإبطاء الفساد. وتختلف فعالية هذه الطريقة بحسب نوع الغذاء والغازات المستخدمة ودرجة الحرارة، ولا تُغني عن التحكم بالتلوث أو التبريد عندما يكون مطلوبًا. وتُدرس كذلك تقنيات حديثة، مثل المعالجة بالضغط العالي (High-Pressure Processing)، بوصفها وسيلة للحد من بعض الميكروبات مع تقليل التغيرات الحرارية في منتجات معينة. ومن المبادئ المهمة في حفظ الأغذية مفهوم الحواجز المتعددة (Hurdle Technology)، الذي يعتمد على الجمع بين أكثر من عامل، مثل التبريد والحموضة والتعبئة المناسبة وخفض النشاط المائي. ويهدف هذا النهج إلى جعل الظروف أقل ملاءمة لنمو الميكروبات من دون الاعتماد على إجراء واحد فقط. ويجب تصميم الحواجز والتحقق من فعاليتها وفق طبيعة المنتج ومتطلبات سلامته